Nach ersten Bemühungen um eine eigene Pfarrkirche sowie die Loslösung von der Urpfarrei Sögel im Jahr 1851 konnte im Jahr 1882 die erste eigene Kirche in Werpeloh eingeweiht werden, die heute als Friedhofskapelle genutzt wird. Den ersten eigenen Pfarrer bekam Werpeloh jedoch erst im Jahr 1911. Bereits im Jahr 1916 wurde erstmals im Fragebogen, der anläßlich der jährlich durchgeführten Visitation durch den Dechanten auszufüllen war, dokumentiert, dass die Kirche "etwas größer sein dürfte". So gab es im Jahr 1936 einen ersten Entwurf für einen Erweiterungsbau, der bezeichnenderweise von einem Friedhofsarchiteckten stammt.

Im Jahr 1966 begann man dann, die Überlegungen, den Altbau der Kirche zu erweitern, zu konkretisieren. Im Laufe der Planungen wurden diese Überlegungen 1968 jedoch verworfen und der Architekt Dipl.-Ing. Gerd Rohling aus Cloppenburg wurde mit der Planung einer neuen St. Franziskus-Kirche beauftragt, die am 04.07.1971 feierlich durch den Bischof von Osnabrück, Dr. Helmut Hermann Wittler eingeweiht werden konnte.