Die Gemeinde Stavern wurde erstmalig in einer Urkunde zur Einweihung der Kirche in Bokeloh, am 15.08.919, erwähnt. Über 500 Jahre spater, 1424, zählte die Gemeinde zur Kirche in Sögel. Stavern hatte bereits im 17. Jahrhundert eine eigene Kapelle. In den Akten des Bistums Osnabrück wird im Jahre 1656 erwähnt, dass die Kapelle in Stavern dem Hl. Erzengel Michael geweiht sei. Mit großer Wahrscheinlichkeit ist das Gebäude in den Wirren der münsterisch-holländischen Kriege zerstört worden Der Standort ist nicht überliefert.

Erst im Mai 1868 wurde Stavern eine selbständige Kirchgemeinde. Vorher war bereits ein neues Gotteshaus gebaut worden. Die Grundsteinlegung dazu wurde am 05 August 1850 durch Pastor Josef Koers aus Sögel vollzogen. Die feierliche Einweihung erfolgte bereits ein Jahr später am 16. September 1851 durch Dechant Rudolf Otten aus Lathen im Auftrag des Bischofs Bei der ersten heiligen Messe predigte Pastor Hiltermann aus Weener.

Der Haselünner Architekt Josef Niehaus entwarf die Pläne für das neue Gotteshaus Die Ausführung der Bauarbeiten leiteten Maurermeister Beelmann und Zimmermeister Stephan Dierkes, beide aus der Gemeinde Stavern. Ohne fremde Hilfe wurde die Kirche von den Einwohner der kleinen Gemeinde Stavern finanziert. Dabei soll die günstige Buchweizenernte in den Jahren sehr gelegen gekommen sein.

Der Kirchturm hat eine Höhe von 24 Metern. Schon bald nach dem Kirchenbau wurden zwei Bronzeglocken installiert. Diese mussten im Jahre 1917 für Kriegszwecke abgeliefert werden. Erst neun Jahre nach dem Kriegsende, 1927, konnten zwei neue Glocken angeschafft werden Die größere dieser Glocken musste im folgenden Weltkrieg, 1941, für militärische Zwecke wieder abgegeben werden. Im Jahre 1950 wurden zwei neue Glocken angeschafft.
Nach einem Plan des Architekten Behnen aus Meppen wurde 1893 die Kirche um Chor und zwei Sakristeien erweitert. Die Arbeiten leitete der Zimmermeister Jüngermann aus Sögel. Fünf Jahre später, 1898, wurde die Turmspitze erneuert und um drei Meter erhöht.

In der Amtszeit des Herrn Pastor Anton Gerdes, im Jahre 1967, erfolgte der erste größere Umbau im Innenraum der Kirche. Die Bestimmungen nach dem II. Vatikanischem Konzil über die Liturgie machten diese Veränderungen notwendig. Der alte Hauptaltar und die beiden Seitenaltare wurden entfernt. Die Kirche erhielt einen neuen Altar, einen neuen Tabernakel, einen Ambo und zwei Kredenzen. Die Entwürfe stammen von dem Bildhauer Mellmann aus Sutthausen sowie diem Architekten Feldwisch aus Osnabrück. Außerdem wurde eine neue Beichtkapelle geschaffen und die Heiligenfiguren wurden entfärbt und neu lasiert. Am 29 September 1967 vollzog der Bischof von Osnabrück, Dr. Helmut Hermann Wittler die Altarkonsekration.

Fast dreißig Jahre später, genau am 16.01.1996 beschloss die Gemeindeversammlung nahezu einstimmig, in den folgenden Jahren eine Außen- und Innensanierung der Kirche vorzunehmen. Einen Teil der Kosten konnte über das Dorferneuerungsprogramm und durch Zuschüsse des Bistums gedeckt werden. Den Rest finanzierten die Gemeindemitglieder selbst. Sie zahlten über 5 Jahre das 10fache des jährlichen Friedhofsgeldes. Bei der Außenarbeiten erhielt die Kirche ein neues Schieferdach Der Turm und die Außenwände wurden saniert. Bei den Innensanierungen wurden u.a. die großen farbigen Deckengemälde restauriert und die 13, zum Teil lebensgroßen Statuen, farblich neu gefasst. Hier haben Einzelpersonen und Gruppen Patenschaften für die einzelnen Statuen übernommen.

Pfarrer in St. Michael Stavern

1851 -1890 Pfarrer Erasmus Kraemer

1890 -1912 Pfarrer Heinrich Hoffmann

1912 -1919 Pfarrer Franz Köhne

1919 -1951 Pfarrer Karl Cordes

1951 -1965 Pfarrer Karl Cadenbach

1965 -1981 Pfarrer Anton Gerdes

1982 -1990 Pfarrer Heinrich Kottmann

1990 -1996 Pfarrer Heribert Kirchhoff

1996 - 2009 Pfarrer Heinrich Bollmer

2010 - 2021 Pfarrer Bernhard Horstmann

2021 - heute Pfarrer Jürgen Krallmann